Bố của Thiếu tướng Nguyễn Hữu Hùng là ông Nguyễn Hữu Oanh, cựu lính công binh. Mẹ ông là bà Nguyễn Thị Hồ.[8]

Nguyễn Hữu Hùng kết hôn với bà Nguyễn Thị Thanh Thoa. Hai ông bà có với nhau 2 người con trai, con trai đầu mới tốt nghiệp và đang công tác trong quân đội, con trai út đang học lớp 11.[9]